در شرق قلعه اختیارالدین یا ارگ هرات مسجد زیبایی است که دارای عمارت و گلدسته های رفیعی بوده و در سال 1375 خورشیدی بنام مسجد حضرت سرور کاینات مسمی گردیده است.
شاهرخ میرزای تیموری فرزند امیر تمور کورگانی در 800 تا 750 هجری قمری- درین مکان مدرسه مسجد و خانقاهی بنا نهاد به بنام مدرسه شاهرخ مشهور بود

و در قرن 12 هجری قمری ملا محمد میرزای سلجوقی به فرمان احمد شاه بابا ابدالی به هرات آمد.  و درآن جا که بنام مدرسه فیل خانه معروف بود به تدریس پرداخت که بعد از وی فرزندانش به امامت و تدریس مشغول بودند و از این رو مسجد بنام سلجوقی ها معروف است
در سمت غرب مسجد بزرگی وجود داشت که بنام حوض هوشمند خان معروف بود ولی در سال 1314 هجری شمسی به اثر انکشاف پلان های شهری از بین رفت و در عوض پارک جدیدی احداث شد

.
نمای این مسجد که از خشت پخته ساخته شده بسیار جالب و مسجد تا کنون آباد بوده مرکز تعلیم قرآن کریم و ادای نماز هاست

..