موزیم ملی افغانستان برای اولین باردرسال1297 هجری خورشیدی درمنطقه باغ بالاکابل برای نگهداری آثارتاریخی تاسیس شد.
درسال های اولیه تاسیس این موزیم که درآن دوران(عجایب خانه)نام داشت فقط بعضی ازیآثارتاریخی  مثل نسخه های خطی قرآن کریم صنایع دستی آثاربرجامانده ازجنگ های دوران حصول استقلال وبعضی کتاب های ناب درآنگهداری میشد.
در25 عقرب سال 1303 هجری خورشیدی .موزیم ملی افغانستان ازباغ بالابه ارگ کابل منتقل شدوبه شکل رسمی توسط امان لله خان افتتاح گردید.دراولین قانون اساسی افغانستان که درزمان امان الله خان به تصویب رسید.یک ماده مفصل برحفریات وحفظ آثارتاریخی وتشکیل محلی برای نگهداری آثارتاریخی کشوراختصاص داده شد.
براساس این قانون مقررشدکه (شعبه حفریات موزه)زیرنظروزارت معارف فعالیت کند.ازمهم ترینکارهای این شعبه.کشف آثاروانتقال آنهابه موزیم ملی بود.
محمد علی کهزادمورخوباستان شناس افغان یکی ازکسانی بودکه درکنارکاوشگران خارجی به جستجوی آثارتاریخی می پرداخت که کشف بسیاری ازآثارتاریخی افغانستان مرهون تلاش های او بوده است.