یکی از بناهای رفیع هرات مسجد مدرسه و خانقاه امیر علی شیر نوا یی بوده که ایوان مقصوره اش با لاجورد طلای خالص تزئین شده بوده .
منار های بلند در سمت راست و چپ بر عظمت آن افزوده بود که مزین با کاشی و گچبری بود.
این عمارت بزرگ در سال( 869 ه ق ) تکمیل گردید که شامل دارالشفا - دارالحفاظ - خانقاه - و کتابخانه بزرگ بود.
در دارالشفا امیرعلی شیر نوایی روزانه ده ها تن از مریضان و مستمندان به طور مجانی مداوا میشدند که سیستم معاینات و تداوی در آن زمان از جمله عجویه های مسلک طب بود.
در خانقا امیرعلی شیر نوایی که از پول شخصی اش تمویل می گردید روزانه برای مساکین غذا و لباس تهیه میشد و هر سال ده هزار( 10000) پوستین کفش و لباس برایدرویشان اهدا میشد و در مدرسه امیرعلی شیر نوایی علما و فظلای بزرگ مشغول تدریس بودند.
زمین مدرسه از طرف سلطان حسین بایقرا که سی( 30)جریب مساحت داشت برای امیرعلی شیر نوایی بخشیده شده بود اما وی آن را از پول شخصی اش با اخلاص کامل به مدرسه و مسجد جامع مبدل ساخت که از آن سبب آنرا مدرسه اخلاصیه می گویند.
مدرسه امیرعلی شیر نوایی از گذند آفات روزگار مصئون نمانده وبیرحمانه مورد تهاجم دشمنان فرهنگ و ثقافت قرار گرفت.
گنبد امیرعلی شیر نوایی حدودا شصت سال  قبل اعمار گردید ولی در سالهای اخیر بخاطر احداث گنبد رفیع و منقش توسط بنیاد فرهنگی بابر از کشور ازبکستان تخریب گردید که متاسفانه کار آن تا کنون به حالت رکود قرار داشته و کوشش های وزارت اطلاعات و فرهنگ به منظور آغاز کار احداث آبده مزار امیرعلی شیر نوایی جریان دارد.
امیر علی شیر نوایی یکی از جمله علما و شعرای معروف دودمان تیموریان بوده و مشوق سلطان حسین بایقرا در تمامی شئون آن دوران محسوب می شد.