مقبره وی در انتهای شمالی سرک هرات در بلندی کوه مختار که نزدیک به بند قارون است موقعیت دارد.
قارون یکی از جنگجویان هرات بود که در اوایل آمدن اسلام به هرات بند آب گردانی ساخته که همه اراضی اطراف را آبیاری مینمود ولی امروز هیچ آثری از آن باقی نمانده است.
در نقطه بلند کوه مزاری است که به نام سید ابوعبدالله مختار که وی از جمله مشایخ هرات بوده و در علم طریقت مقام سامخی داشت و مولانا جامی .فات آن را در کتاب نفحات الانس در 277 هجری قمری ذکر نموده است.
در جوار سید مختار قبور بزرگان دیگری مانند: ابو علی ابن مختار علوی حسینی،امیر غیاث الدین میرک نقاش چیره دست دوره تیموریان میرمحمد ابن یوسف حسینی هروی، استاد کمال الدین بهزاد و میناتوریست عصر تیموریان و ایستاد رستم علی خان فقیه مشهور هرات وجود دارد.
در دوره تیموریان بنای عالی در شمال مزار ساخته شد که به مرور زمان رو به ویرانی نهاد تا اینکه در سال 1346 ه_ق در زمان تیمور شاه درانی در سال 1326 ه_ش در زمان حکومت عبدالله خان ترمیم شد.
و راپله های مزار سید مختار اخیرا توسط آبدات تاریخی ساخته شد.
رقیه اکبری
